Là công việc phải làm thường xuyên trong việc chăm sóc Bonsai. Phần ngọn cây thường phát triển mạnh, nên cắt tỉa để khống chế và có thể thay thế bằng chỗi non mới. Các đầu ngọn cành, nên khống chế để cành không mọc dài ra phá vỡ bỏ cục, việc làm này còn tạo điều kiện cho các chối nách phát triển, tạo ra bộ xương cành kín, dày hơn.
Nếu không bấm tỉa đầu ngọn cành, tàn cây sẽ vươn đài ra và sẽ ít có cành phụ, nhánh phụ ở bên trong, cấu trúc tàn cây sẽ không đẹp, bị trống trải ở phía bên trong của chân cành.
Đừng nên cắt cây trở thành một bụi làm, một tán dù, sẽ không có tính thẩm mỹ, và các cành, lá phía bên trong của tán sẽ bị chết dần vì thiếu ánh sáng.
Cần loại bỏ các chồi vượt ở các vị trí không hợp lý, để khỏi có sự cạnh tranh dinh dưỡng với các phần đã xác định của cây.
Nên theo dõi thường xuyên và cắt bó những cành, nhánh, lá bị sâu bệnh để hạn chế sự lây lan.
Mỗi loài cây khác nhau có cách cắt tỉa khác nhau.
- Cây lá nhỏ, lá kim nên tỉa ít lần trong năm, chỉ ngắt ngọn khi cây phát triển chổi mới vào mùa tăng trưởng.
- Cây lá thường xanh, lá lớn, việc cắt tỉa thường xuyên hơn.
- Cây có hoa, trái, nên ít cắt tỉa. Khi đã kết thúc quá trình ra hoa, trái nên cắt bỏ nụ, hoa, trái để cây mau hồi phục.
Những cành, nhánh chết nên cắt bỏ. Khi cắt bỏ các phần này, nên cắt cho tới phần còn sống của cây và bôi thuốc bảo vệ cho vết cắt.